Según el concilio de Trento, todas las cofradías tenían que estar adscritas a una parroquia o convento donde recibir los servicios espirituales y disponer de sala capitular para juntas y capítulos, así como una capilla con altar para la imagen de la advocación que representaba la cofradía.
A finales del siglo XIII, la Hermandad tendría su sede en el antiguo Convento de la Orden de la Penitencia de Jesús, ubicado en la Plaza España donde se encuentra actualmente la Diputación Provincial de Zaragoza, y en el que en ese momento estaba instalada la comunidad franciscana. En este ya Convento de San Francisco, la Hermandad poseía una capilla en la que se depositaba la imagen del Santo Cristo.
Allí permanecería hasta el 28 de octubre de 1554 para trasladarse de nuevo al antiguo Convento de San Francisco, en ese momento Convento de San Agustín, ubicado al Este de la ciudad amurallada tras un muro de tierra, entre el Río Ebro y la desembocadura del Río Huerva, en donde la Comunidad Agustina tenía su sede. En ese año se firmó una concordia entre la Hermandad y la Comunidad Agustina en donde se describía el tipo de cofradía, costumbres espirituales, procesiones, atenciones benéficas y la economía de la misma. La Hermandad poseía una capilla llamada del Crucifijo, que se encontraba en el claustro, teniendo derecho a enterrarse en ella los hermanos de la Sangre de Cristo.
En esta concordia cabe destacar los puntos en los que se alude a la asistencia de los sentenciados a muerte antes de ser ajusticiados; el de la recogida de cadáveres abandonados, si bien la tradición dice que se realizaba desde el siglo XIII, se desprende de la sobrefirma de 1625 que se convierte en derecho lo que era costumbre desde 1555; y el que habla de la procesión que realizaba el Jueves Santo por la noche, consistente en una sucesión de penitentes disciplinantes en la que acudían a acompañarles religiosos agustinos. Las camisas que empleaban los Hermanos de la Hermandad para la disciplina eran cedidas en usufructo por los agustinos.
En 1617 la Hermandad obtiene la primera licencia conocida para realizar la procesión del Santo Entierro de Cristo en la tarde de Sábado Santo, será ésta la primera procesión documentada.
La siguiente noticia se tiene constancia en 1648, cuando la Hermandad, establecida en el Convento de San Agustín, cuenta en su inventario las figuras de la Virgen, San Juan, Santa María Magdalena, un Ecce-Homo con su caña, una cama dorada de Nuestro Señor y posteriormente las insignias de San Pedro y Nuestro Señor en la columna.
La Hermandad en 1666 organiza el acto del Descendimiento de la Cruz y la procesión del Santo Entierro.
En 1677 se redactan las Ordinaciones definiendo a los hermanos como “Número Bajo”, que serían los Hermanos Espirituales, y los de “Número” o “Receptoria”, integrado por un máximo de cincuenta Hermanos Receptores. Este mismo año se obtienen bulas pontificias, indulgencias y el título de Antiquísima.
En los años sucesivos se adquieren progresivamente imágenes procesionales y se adecua la capilla para acoger el patrimonio.
